LEfSe软件安装

看网上安装lefse软件很多都是通过conda直接安装的，非常简单，conda install lefse就成功了，我就没有这么好的运气了，通过conda直接安装lefse就是不成功。

CondaLefseError.png

没办法看网上还有怎么安装的，下面是安装过程。

说明：Windows可以通过虚拟机，docker，conda，wsl安装，本人是在Linux上安装的，Windows上除了conda其他三个都是模拟的Linux环境。

首先到网上下载lefse脚本或者说是源码，网址：https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/。

lefse.png

这里下载需要使用hg软件，hg软件安装参加https://www.mercurial-scm.org/wiki/TutorialInstall，然后hg clone https://bitbucket.org/nsegata/lefse ，就下载到本地了，里面是用python2写的脚本，依赖的R包和python2包在requirements.txt文件里，安装即可。这里会因为版本出现问题，主要是rpy2和matplotlib。依赖包成功安装就安装好lefse了。

下面是具体安装命令

一般来说到这里就该结束了，不过再补充一点。

通过docker安装lefse应该更方便一些，我看有lefse的镜像，不过pull不下来，可能是网络原因。使用docker从Debian或者Ubuntu构建应该很容易，我尝试了Ubuntu16.04(wtanaka/ubuntu-1604)，从16或者18的好处是python2是默认的python版本，官方仓库有现成的python2的rpy2包、numpy包、matplotlib包，R的官方仓库版本尽管很低，不过可以按照R语言官网说明升级R，这样echo "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/" >> /etc/apt/sources.list，然后添加key就可以，这里是xenial的升级方法，apt update更新就可以安装高版本R了。lefse从网上下载脚本即可，甚至Ubuntu18仓库里就有lefse软件。就是docker启动容器的时候命令比较长，需要挂载文件夹。

最后希望大家可以用conda直接安装lefse软件。
更新下，大家尽可能使用docker，最近使用docker安装了，不用折腾。

参考：

https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/11610045.html

https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/

https://www.mercurial-scm.org/wiki/TutorialInstall